O tarihe kadar benimsene gelmiş olan, mikropların yoktan üremesi kuramının yanlış olduğunu, pek sıkı bir deneme yöntemi sayesinde, çok geçmeden kanıtlamayı başardı.

Mayalanma üzerindeki keşfini Tıp bilimine uygulayarak, çağında pek geçerli olan hastalığın birden ortaya çıktığı düşüncesini tamamen çürüttü. Çevremizi saran her şeyde ve kendi vücudumuzda bulanan küçük, canlı organizmalarını, yani minik mikropların varlığını kanıtladı.Mikro Organizma’ların, cerrahi müdahalelerde, kesin asepsi tedbirleri alınmayacak olursa, iltihaplanmaya sebep olduğunu gösterdi.

Büyük bilginin çalışmalardan önce, hastalıkların çoğunun sebebi bilinemiyordu.Onun sayesinde yeni bir bilim dalı olan mikrobiyoloji doğdu.Bu bilim, her hastalığın sorumlu mikrobunu araştırır.

Pasteur bu mikropları kullanarak, ama güçlerini zayıflatarak bir koruma çaresi olarak ilk aşıyı keşfetti..Pasteur tavuk kolerasını tedavi ederken aşı olayını buldu. İlk kuduz aşısını 1884′te buldu.Fakat kuduz aşısını insanlar üzerinde denemesini 1885 yılında yaptı.Kuduz olan iki çocuğu aşı ile hayata döndürdü.Böylece kuduz aşısının keşfini ispatlamış oldu. Tıp bilimine sonsuz olanaklar açan bu buluş, Pasteur’ün ününü yaydı.

Pasteur’ün buluşu sadece aşı ile kalmadı.Okulu bitirdikten sonra bir şarap fabrikasında çalışmaya başladı.Şarap fabrikasında fıçılanmış şarapların bazılarının bozulması patronunu kızdırıyordu.Pasteur’dan buna bir çözüm bulmasını istedi.Yaptığı araştırmada şarap fıçılarının hava aldığı için bozulduğunu anladı.Daha sonra geleceğin en önemli keşfi olan havada canlı bakterilerin olduğunu keşfetti ve hava ile temas eden yiyecekleri bunların bozduğunu gördü.